Como definir o tipo de precificação dos produtos?

Para modificar você deve acessar o iCompany em:
Utilitários -> Configurações -> Parâmetros -> Compras:

Preencha o campo com o número 1 ou 2 e pressione Enter até gravar os dados.

Saia do sistema e entre novamente.

Explicando

Existem duas opções de precificar um produto:

1. Nota de Compra
   Quando o preço de custo do produto é definido pela nota de compra, ao realizar uma compra, o sistema considera todos os valores contidos na nota para definir o preço de custo do produto. Então se houver IPI o sistema irá gravar o percentual do IPI na planilha consequentemente irá aumentar o custo do produto, da mesma forma se houver créditos como ICMS, PIS/COFINS, o sistema irá diminuir o custo do produto.
   
2. Planilha de Precificação
   O preço de custo definido pela planilha de precificação obedece a seguinte regra:
   
   Toda entrada de mercadoria através de nota de compra, o sistema preenche na planilha de precificação apenas o preço bruto de compra, pois, os demais valores que compõe o preço de custo ficam estáticos, podendo ser definido pelo usuário manualmente.
   

Observe que estou definindo um percentual fixo para o produto no campo outras despesas.

Portanto, nas compras, o sistema irá modificar apenas o primeiro campo que é o preço de compra.