O que significa esta rejeição?
A Rejeição 690 acontece quando você tenta cancelar uma nota fiscal que já está vinculada a um documento de transporte, como um CT-e (Conhecimento de Transporte Eletrônico) ou um MDF-e (Manifesto Eletrônico de Documentos Fiscais). Esses documentos são emitidos quando a mercadoria é carregada para transporte, normalmente pela própria empresa (no caso do MDF-e) ou pela transportadora (no caso do CT-e), e indicam para a SEFAZ que a carga já entrou em processo de transporte. Enquanto o CT-e ou o MDF-e estiver ativo, a SEFAZ não permite cancelar a nota. A SEFAZ retorna a mensagem “Rejeição 690 – Pedido de Cancelamento para NF-e com CT-e ou MDF-e”.
Como resolver esta situação?
Enquanto o documento de transporte vinculado à nota estiver ativo, a SEFAZ não aceita o cancelamento. Siga as orientações abaixo.
1. Cancele o MDF-e vinculado à nota:
Localize o MDF-e em que a nota fiscal foi incluída e faça o cancelamento em 129. Emissão de MDF-e.
Se a nota estiver vinculada a um CT-e emitido por uma transportadora, entre em contato com ela e peça o cancelamento.

2. Cancele a NF-e no wCompany:
Após o cancelamento do MDF-e, acesse 114. Gerenciar Vendas, abra a venda da nota fiscal e clique em Cancelar para enviar o cancelamento novamente para a SEFAZ.
3. Se o MDF-e não puder ser cancelado:
O MDF-e só pode ser cancelado dentro do prazo permitido pela SEFAZ (geralmente 24 horas após a autorização) e antes de ser encerrado. Se ele já tiver sido encerrado ou o prazo tiver passado, a NF-e também não poderá ser cancelada. Nesse caso, converse com a sua contabilidade para definir a melhor forma de anular a operação, que normalmente é a emissão de uma nota fiscal de devolução no wCompany.
Regra de validação da SEFAZ:

Referência:
Manual de Orientação ao Contribuinte (v. 7.00) – Anexo I